Vous n'êtes pas à l'abri d'une panne de disque dur, d'un faux contact de câble ou d'une panne de contrôleur qui arrivera forcément au mauvais moment. Pour éviter de recommencer à zéro, il est donc vivement recommandé de faire régulièrement une sauvegarde de vos données.

Vous pouvez vouloir utiliser votre serveur pour y sauvegarder les données de vos machines de bureau, ou au contraire, sauvegarder le contenu de votre serveur.

Il existe plusieurs solutions :

• rsync est un logiciel de synchronisation simple, permettant de copier une arborescence vers un autre endroit en ne transférant que ce qui a changé.
• Duplicity.
• unison est un logiciel de synchronisation de répertoires, capable de maintenir plusieurs copies en propageant des modifications effectuées sur l'une ou l'autre de ces copies.
• rdiff-backup permets des sauvegardes incrémentielles afin d'économiser les ressources.
• backupninja offre une centralisation de la configuration et de l'organisation des opérations de sauvegarde, particulièrement pratique pour la sauvegarde de bases de données. backupninja permets des sauvegardes sécurisées, à distance, incrémentielles (via rdiff-backup), et plus.
• rbxi script pour gérer les sauvegardes qui se base au choix sur rsync ou rdiff-backup, nécéssite une première configuration un peu longue, mais requiert de très rares interventions par la suite.